Nedenfor er en oversikt over bestyrere og rektorer ved skolen siden oppstarten og frem til i dag.
1914 – 1923: Carl Richard Juul (f. 1877)
1923 – 1924: Eirik Aas (f. 1889)
1924 – 1935: Johannes Lofthus (f. 1880)
1935 – 1936: Eirik Aas (f. 1889)
1936 – 1937: Hans Petter Tilrem (f. 1895)
1937 – 1947: Paul Solberg (f. 1906)
1947 – 1963: Ludvig Bernard Markussen (f. 1895)
1963 – 1981: Birger Gjerdrum (f. 1914)
1981 – 1994: Imre Høgvin
1995 – 1998: Anne Marie Dranger Bachen
1998 – 2007: Gudmund Johansen
2007 – : Stein Erik Svendsen
Senja videregående skole slås i 2011 sammen med Finnfjordbotn videregående skole og Kokkeskolen i Sørreisa. Navnet på den sammenslåtte skolen blir Senja videregående skole, og hvert skolested får sin stedlige leder.
Stedlig leder skolested Gibostad:
2011 – 2022 : Mona Lind Richardsen
2022 – 2024 : Marita Edissen